科学家本(扎克·加利费安纳基斯)属于美国政府的一个秘密部门。他通过高科技手段训练豚鼠说话和思考，把它们训练成特工。然而，本所在的部门却面临着被联邦调查局关闭的局面。为了证明他和豚鼠特工的能力，本命令豚鼠特工队队长达尔文(山姆·洛克威尔·洛克威尔配音)潜入赛博坦工业公司首席执行官罗纳德·赛博坦(比尔·奈伊饰演)的办公室，寻找罗纳德向中东国家出售可用于军事目的的高科技芯片的证据。达尔文没有忽视，并迅速采取行动，与Blast(由崔西·摩根·崔西·摩根配音)，Juarez(由佩内洛普·克鲁兹·桑切斯·佩内洛普·克鲁兹配音)，Mocky the Fly和Speakes(由尼古拉斯·凯奇·尼古拉斯·凯奇配音)。
