炎炎夏日，为了找到战无不胜的独角仙子，大雄(大原めぐみ配音)痛哭流涕，软化了哆啦a梦(わさび).水天配音无奈之下，哆啦a梦和哆啦a梦(钱球配音)拿出时间光圈帮助大雄寻找500年前的新西兰独角兽仙女，却意外抓到了已经灭绝的恐鸟。为了不让恐鸟灭绝，他们决定把它送到奇迹岛。奇迹岛是未来科学家专门为庇护、保护和研究灭绝动物而开发的小岛。据说岛上有一只金麒麟，可以给当地的生物注入生命。几经周折，大雄和他的朋友来到这里，认识了和大雄(雅子配音)长得很像的神秘男孩大开，以及善良的洛可可人。与此同时，一个黑心的商人试图抓住金麒麟...本片是对哆啦a梦诞生前100年的纪念。