幽灵军团的黄泉(中村秀利配音)通过神秘的黑暗医疗，复活了拥有摧毁世界恐怖力量的神奇动物(加藤精三配音)，希望建立一个黑暗的千年王国。动物们对着死者弯下腰，立即命令幽灵军团进攻幽灵之国，企图杀死拥有封印魔法和预知死亡能力的女巫紫苑(藤村配音)，准备夺回被封印在沼泽之国的动物尸体。一旦动物的灵魂和身体结合，世界将被彻底毁灭。幽灵国被袭的消息很快就传到了其他国家，叶阴村的忍者也被动员了起来。火影忍者(由竹内顺子配音)、木本樱(由中村千绘配音)、宁慈(由大千幸一配音)和小李(由谭川洋一配音)奉命保护紫苑。然而鸣人从子渊口中得到了必死的预言...本片是火影忍者的第四部剧场版动画。