故事发生在东京八幡岛近海，这里建有一座海洋设施“太平洋浮标”，与遍布全球的警方监控摄像头相连。在该设施正式启动之前，来自世界各地的IT工程师来到现场，以便与欧洲刑警组织的管辖区建立联系。与此同时，一项使用人脸识别系统的“新技术”测试也在进行中...另一方面，柯南和少年侦探队在花园里娱乐，去八丈岛看鲸鱼。就在这个时候，柯南接到了崇亚昂(赤井秀一)的电话，被告知欧洲刑警组织的成员在德国被杜松子酒杀死了。为了调查真相，柯南潜入黑田魏兵等前往“太平洋浮标”进行巡逻工作的警察厅巡逻船，进入设施内部。后来，在为系统启动而稳步做准备的设施里，发生了一起案件——一个女性项目被一个黑色组织绑架了，她手里存有一些资料的u盘也落入了黑色组织的手中。海里传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。此时我在八丈岛的海原爱旁边，有黑影悄悄靠近...