白莲教奉清朝大臣纳兰元淑(甄子丹)之命对付革命党人后，打着“助清灭洋”的口号，在广州大街小巷大肆破坏外国使馆、教堂等场所，连小学生都幸免。他们的行为让黄飞鸿(李连杰)、十三姨(关之琳)和梁宽(莫少聪)非常生气。在一次医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文(张铁林饰)一拍即合。当他发现革命党在拯救国家方面更有远见时，他决定帮助革命党逃脱厄运。后来，他直奔安百里派总坛，在九宫与真人的战斗中取得胜利，揭开了迷信的虚假形象，又因为国运中民智枯竭，不惜与纳兰苑决一死战。