故事的舞台是DENCITY，一个互联网系统发达的城市。有一个由巨头企业“SOL Technology Society”通过高度的网络技术打造的名为“LINKVRAINS”的VR空间。人们疯狂地想要在虚拟现实领域体验一场全新的决斗。然而，在“LINKVRAINS”中，出现了神秘的黑客组织“黑诺骑士”(Knights of Heino)，该组织利用决斗来实施黑客攻击。而他们的目标是摧毁互联网某处存在的“AI的世界=电子世界”。然而，当世界受到这种威胁时，一位斗士站了出来。他的名字是“组织者”。在那场传奇的战斗中，“Playmaker”用一场势不可挡的决斗击倒了海诺骑士团，成功俘获了“索尔科技社”和“海诺骑士团”都想成功的迷人AI程序。曾经拯救了世界，然后突然消失，他的名字在互联网的世界里变得著名而传奇。现在，高中生藤木游作，一个适当的组织者，正在追寻再次出现在VRAINS中的黑因骑士，以找出过去发生的一个事件的真相...以此为契机，命运之轮转动...被AI的真身迷住了，黑因骑士的目的盯上了LinkVrains并藏了起来。