在漆黑的夜晚，一名间谍潜入日本警察机关，窃取了记录各国间谍机关重要数据的绝密文件绝密资料。日本警方和联邦调查局特工赤井秀一(由池田秀一配音)立即追捕这名间谍。最后，逃犯的车辆掉下了悬崖。第二天，柯南(高山南配音)和他的朋友们参观了杜东水族馆，发现了一个美丽的受伤的女人(蓝泽优希·阿玛配音)。女子处于失忆状态，手机也损坏无法使用。柯南等人答应帮她恢复记忆。他们谈话时，躲在暗处的黑人组织成员贝尔摩(小山茉美配音)冷眼旁观这一切。在相处的过程中，海原爱(林原惠美配音)因为身手不凡，言行怪异，对自己的真实身份产生了怀疑。刚才还一片祥和的水族馆，沉浸在幸福中的人们会想到，随着神秘女子技能的恢复，他们很快就会卷入黑暗组织的杀戮和混乱中...